Аналізи ДНК в Україні
Всі аналізи/Панелі (секвенування NGS)
В панель Автозапальні захворювання входить 47 генів, також включена оцінка некодуючих варіантів, виявлення делецій та дуплікацій.
Ідеальна панель для пацієнтів із клінічною підозрою на автозапальне захворювання. Гени цієї панелі входять до панелі Первинні імунодефіцити.
Автозапальні синдроми є групою захворювань, що характеризуються повторюваними епізодами запалення без ознак впливу ауто-антигену. Епізоди можуть виникати періодично чи нерегулярно. Спадкові періодичні пропасниці є типовим прикладом захворювань цієї групи. Крім лихоманки та локалізованого запалення, ці захворювання можуть викликати й інші симптоми, специфічні для синдрому. Сімейна середземноморська лихоманка (FMF) — найпоширеніший із синдромів періодичної лихоманки, поширеність якого в різних популяціях становить від 1:250 до 1:1000. Це найпоширеніший вид на східному Середземномор'ї. Інші синдроми зустрічаються набагато рідше. Пенетрантність синдромів періодичної лихоманки варіює: при одних конкретних захворюваннях вона висока, за інших може бути знижена. Крім того, моделі успадкування різняться: зазвичай вони є аутосомно-рецесивними, наприклад, для сімейної середземноморської лихоманки та мевалонової ацидурії, тоді як вони є аутосомно-домінантними для періодичного синдрому, пов'язаного з рецептором фактора некрозу пухлини, та для сімейного холодового синдрому.
Ген | Асоційований фенотип | Спадкоємність.* | ClinVar** | HGMD** |
---|---|---|---|---|
ACP5 | Спондилоенхондродісплазія з імунною дисрегуляцією | AR | 12 | 26 |
ADAM17 | Запальні захворювання шкіри та кишечника у новонароджених 1 | AR | 1 | 7 |
ADAR | Спадковий симетричний дисхроматоз, синдром Айкарді-Гутьєра | AD/AR | 25 | 226 |
CARD14 | Псоріаз | AD | 9 | 29 |
CECR1 | Вузликовий поліартеріїт, дефіцит ADA2 | AR | 15 | 50 |
COPA | Аутоімунні інтерстиціальні захворювання легень, суглобів та нирок | AD | 6 | 6 |
DDX58 | Синдром Сінглтона-Мертена | AD | 4 | 3 |
DNASE1L3 | Системний червоний вовчак 16 | AR | 1 | 3 |
DNASE2 | Синдром автозапальної панцитопенії | AR | 2 | |
ELANE | Нейтропенія | AD | 43 | 217 |
IFIH1 | Синдром Сінглтона-Мертена, синдром Айкарді-Гутьєра 7 | AD/AR | 14 | 19 |
IL10 | Запальне захворювання кишечника | AD/AR | 1 | 5 |
IL10RA | Запальне захворювання кишечника | AR | 4 | 43 |
IL10RB | Запальне захворювання кишечника | AR | 2 | 19 |
IL1RN | Остеомієліт стерильний багатоосередковий з періоститом та пустульозом | AR | 6 | 12 |
IL36RN | Пустулозний псоріаз, генералізований | AR | 6 | 26 |
ISG15 | Імунодефіцит з кальцифікацією базальних гангліїв. | AR | 3 | 3 |
JAK1 | Первинний імунодефіцит | AD/AR | 4 | 6 |
LPIN2 | Синдром Маджіда | AR | 12 | 14 |
MEFV | Сімейна середземноморська лихоманка | AD/AR | 29 | 182 |
MVK | Мевалонова ацидурія, синдром гіпер-IgD, порокератоз 3, множинні типи | AD/AR | 35 | 181 |
NLRC4 | Запалення з дитячим ентероколітом (AIFEC), Сімейний холодовий автозапальний синдром 4 | AD | 6 | 8 |
NLRP1 | Ладонно-підошовна карцинома, множинний самовилікування, запалення з артритом і дискератозом | AD/AR | 5 | 15 |
NLRP12 | Сімейний холодовий автозапальний синдром | AD | 12 | 12 |
NLRP3 | Мультисистемне запальне захворювання з неонатальним початком (NOMID), синдром Макла-Уеллса, хронічний дитячий неврологічний шкірно-суглобовий синдром (CINCA), сімейний холодовий аутозапальний синдром 1, глухота | AD | 20 | 136 |
NOD2 | Синдром Блау, саркоїдоз, ранній початок | AD | 12 | 70 |
OTULIN | Синдром аутозапалення, панікуліту та дерматозу (АІПДС) | AR | 8 | 3 |
PLCG2 | Сімейний холодовий аутозапальний синдром 3 (PLAID), аутозапалення, дефіцит антитіл та синдром імунної дисрегуляції (APLAID) | AD | 7 | 13 |
POMP | Лінійний кератоз із вродженим іхтіозом та склерозуючою кератодермією | AR | 5 | 4 |
PRG4 | Синдром камптодактилії-артропатії-тазика вара-перикардиту | AR | 6 | 35 |
PSENEN | Зворотні вугри, сімейні, 2 | AD | 7 | 17 |
PSMB4 | 4 | 4 | ||
PSMB8 | Синдром Накайо-Нішимури, Хронічний атиповий нейтрофільний дерматоз з ліподистрофією та синдромом підвищеної температури, Синдром аутозапалення, ліподистрофії та дерматозу, Контрактури суглобів, м'язова атрофія, мікроцитарна анемія та синдром ліподистронік | AR | 5 | 9 |
PSTPIP1 | Гнійний стерильний артрит, гангренозна піодермія та вугри. | AD | 5 | 29 |
RIPK1 | Синдром автозапальної панцитопенії | AD/AR | 3 | 1 |
RNASEH2A | Синдром Айкарді-Гутьєра | AR | 13 | 21 |
RNASEH2B | Синдром Айкарді-Гутьєра | AR | 16 | 41 |
RNASEH2C | Синдром Айкарді-Гутьєра | AR | 6 | 14 |
SAMHD1 | Синдром Айкарді-Гутьєра, обморожений вовчак 2 ступеня. | AD/AR | 25 | 56 |
SLC29A3 | Гістіоцитоз-лімфаденопатія плюс синдром, Дизостеосклероз | AR | 17 | 25 |
TMEM173 | Васкулопатія, пов'язана з STING, з інфантильним початком (SAVI) | AD/AR | 4 | 10 |
TNFAIP3 | Автозапальний синдром, сімейний, Бехчотоподібний | AD | 8 | 23 |
TNFRSF1A | Періодична лихоманка (періодичний синдром, пов'язаний із рецептором TNF) | AD | 19 | 106 |
TREX1 | Васкулопатія сітківки з церебральною лейкодистрофією, обмороженим вовчаком, синдромом Айкарді-Гутьєра | AD/AR | 30 | 71 |
TRNT1 | Пігментний ретиніт та еритроцитарний мікроцитоз, сидеробластна анемія з В-клітинним імунодефіцитом, періодичні лихоманки та затримка розвитку. | AR | 13 | 26 |
TTC7A | Шлунково-кишкові дефекти та синдром імунодефіциту | AR | 21 | 46 |
UBA1 | Спинальна м'язова атрофія, дитяча | XL | 3 | 5 |
* Тип успадкування: аутосомно-домінантний (AD), аутосомно-рецесивний (AR), мітохондріальний (mi), Х-зчеплений (XL), Х-зчеплений домінантний (XLD) та Х-зчеплений рецесивний (XLR); ** ClinVar, HGMD - кількість варіантів гена, класифікованих як патогенні або ймовірно патогенні в базі даних ClinVar, HGMD.
В панель дозволяється додати додаткові гени (до 200), пов'язані з симптомами, та видалити будь-які гени (щоб залишилося не менше 2). Вартість панелі може змінюватися, а саме:
- мала панель 2-25 генів ,
- середня панель 26-125 генів ,
- велика панель понад 126 генів .
Якщо аналіз вияв варіанти, які є можливою причиною хвороби, можна перевірити наявність цих варіантів у батьків. Аналіз окремих мутацій по Сенгеру.
Якщо аналіз не виявив варіантів, які є можливою причиною хвороби, можна розширити тестування до повного екзома Розширення панелі до повного екзома. Крім того, можливо безкоштовнопро отримання сирих даних і робити повторну оцінку кожні кілька років. Можливо, згодом науці стануть відомі нові генетичні чинники захворювання.
Вимоги здачі крові натще немає (легкий сніданок і незадовго до взяття крові випити 1-2 склянки звичайної негазованої води; дітей обов'язково напувати негазованою водою порціями, до 150-200 мл, протягом 30 хвилин), в день здачі крові не вживати медикаменти (включаючи вітаміни та БАД), напередодні виключити прийом смаженої та жирної їжі, виключити за 32 години алкоголь.
Проводиться забір венозної крові у пробірку з ЕДТА 4 мл.
Необхідно надати (взяти з собою або надіслати нам на електронну пошту) висновок лікаря з детальною клінічною картиною (опис симтомів, діагноз/попередній діагноз) та фото досліджуваного пацієнта (якщо є фенотипно значущі особливості), заповнити в електронному вигляді анкету.
У всіх випадках за результатами секвенування необхідно отримати консультацію лікаря-генетика.