Повноекзомне секвенування (США)

Повноекзомне секвенування (США) включає високоякісний аналіз послідовності всього екзома, у поєднанні з аналізом делецій/дуплікацій всього екзома. Повноекзомне секвенування (США) дозволяє виявляти однонуклеотидні та індел-варіанти, а також більші делеції/дуплікації.

Повноекзомне секвенування є надійним і одним із найповніших генетичних тестів для виявлення хвороботворних змін при великій різноманітності генетичних порушень. У повноекзомному секвенуванні білок-кодуючі області всіх генів (близько 20 000) людського геному, тобто екзома, секвенуються з використанням технологій секвенування наступного покоління. У той час як екзом становить лише ~1% всього геному, 85% усіх мутацій, що викликають захворювання, розташовані саме там.

Повноекзомне секвенування Blueprint Genetics найбільше підходить для людей з:

• складне неспецифічне генетичне захворювання з множинними диференціальними діагнозами.
• генетично гетерогенне захворювання.
• підозра на генетичне захворювання, у якому специфічний генетичний тест недоступний.
• невдале попереднє генетичне тестування.

Тест Повноекзомне секвенування (США) було розроблено для максимізації діагностичних результатів, насамперед за рахунок отримання високоякісних та однорідних даних секвенування. Дані секвенування аналізуються з власного сучасного конвеєра біоінформатики. Крім того, генетична інформація пацієнтів ретельно інтерпретується нашою командою генетиків та клініцистів з використанням інформації з останніх публікацій та актуальних баз даних.

Продуктивність Повноекзомного секвенування

Використовується технологія повного захоплення екзома та методи секвенування нового покоління для отримання даних Повноекзомного секвенування клінічного рівня, максимально збільшуючи охоплення клінічно значущих генів.

1. Дуже однорідна глибина секвенування для всіх генів генома, що кодують білок:

• Середнє покриття секвенування в середньому 154x за гарантованих 100 млн читань секвенування.
• У середньому 99,4% пар основ у кодуючих областях генів та вибраних варіантів інтронів покривають не менше 20x.

2. Високочутливе та специфічне виявлення однонуклеотидних варіантів та інделів:

• Чутливість 99,7 % та специфічність > 99,99 % для виявлення однонуклеотидних варіантів у кодуючих областях генів та вибраних інтронних варіантів.
• Чутливість 97,0 % та специфічність > 99,99 % для виявлення інделів у кодуючих областях генів та вибраних варіантів інтронів (виявлено делеції до 220 п.н., вставки до 221 п.н.).
• Аналіз виконується з високою точністю (точність усередині циклу (повторюваність) 99,7%, проміжна точність (відтворюваність) 99,7%).

3. Чутливе та специфічне виявлення варіантів числа копій (CNV):

• Події делеції одного екзону виявляються з чутливістю >92%, а CNV із п'ятьма екзонами — з 98,6% та специфічністю >99,9%. Сегментально дубльовані області геному можуть мати знижену чутливість. За допомогою цього тесту неможливо визначити точні межі аберації кількості копій.

4. Включає секвенування повного мітохірургічного геному.

Клінічна інтерпретація тесту Повноекзомне секвенування

При аналізі даних виконується пошук генетичного пояснення симптомів пацієнта. Тому аналіз та звітність зосереджені на варіантах, які безпосередньо пов'язані з фенотипом пацієнта. Це включає відомі/можливо викликають захворювання гетерозиготні варіанти в генах, пов'язані з аутосомно-домінантними (AD) станами, гомозиготні/складні гетерозиготні варіанти в генах, пов'язані з аутосомно-рецесивними (AR) станами, або гетерозиготні/гомозиготні Х-зчепленими захворюваннями, які узгоджуються з усім або частиною фенотипу пацієнта.

Обмеження тесту Повноекзомне секвенування

Цей тест не виявляє таке:

• Складні інверсії
• Генні перетворення
• Збалансовані транслокації
• Варіанти мітохондріальної ДНК
• Порушення розширення, що повторюються
• Некодуючі варіанти глибші, ніж ±20 пар основ від екзон-інтронного кордону

Цей тест не може надійно виявити таке:

• Низький рівень мозаїцизму (варіант із часткою мінорного алелю 14,6% виявляється із ймовірністю 90%)
• Дільниці мононуклеотидних повторів
• Вставки більше 50 б.п.
• Делеції або дуплікації одного екзону
• Варіанти всередині псевдогенних областей/дубльованих сегментів

Переваги лабораторії (США)

• Акредитації CAP та ISO-15189, що охоплюють усі операції, включаючи секвенування всього екзома, панелі NGS та підтверджуючі випробування.
• Персонал, сертифікований CLIA, проводить клінічні випробування у лабораторії, сертифікованій CLIA.
• Потужні технології секвенування, передові методи збагачення мішеней та точні конвеєри біоінформатики забезпечують чудову аналітичну продуктивність.
• ~ 1500 некодуючих варіантів, що викликають захворювання, в аналізі Повноекзомне секвенування.
• Строга класифікація варіантів базується на модифікованій схемі класифікації варіантів ACMG.
• Систематичний робочий процес клінічної інтерпретації з використанням пропрієтарного програмного забезпечення, що забезпечує точну та простежувану обробку даних NGS.
• Вичерпні клінічні висновки.
• Безкоштовно можна замовити первинні данні секвенування

Як пройти дослідження

Вимоги здачі крові натще немає (легкий сніданок і незадовго до взяття крові випити 1-2 склянки звичайної негазованої води; дітей обов'язково напувати негазованою водою порціями, до 150-200 мл, протягом 30 хвилин), в день здачі крові не вживати медикаменти (включаючи вітаміни та БАД), напередодні виключити прийом смаженої та жирної їжі, виключити за 32 години алкоголь.

Проводиться забір венозної крові в пробірку з ЕДТА 4 мл.

Необхідно надати (взяти з собою або надіслати нам на електронну пошту) висновок лікаря з детальною клінічною картиною (опис симтомів, діагноз/попередній діагноз) та фото досліджуваного пацієнта (якщо є фенотипно значущі особливості), заповнити в електронному вигляді анкету.

У всіх випадках за результатами секвенування необхідно отримати консультацію лікаря-генетика.

Сирі дані можуть бути надані на запит в одному з форматів (fastq, bam або vcf).